В 1999 году Джефф Спангерберг, глава Iguana Entertainment и создатель Turok, основал студию Retro Studios, которая должна была заняться разработкой игр для Nintendo. В 2000 году офис фирмы в Остине посетил Сигэру Миямото и раскритиковал все текущие разработки Retro. Отменив их, Nintendo поручила Retro производство приключенческой игры в известнейшей игровой вселенной. Разработка шла тяжело, Спангерберг не появлялся на работе, хотя в Интернете можно было найти его свежие фотографии в компании с полуобнажёнными девушками. В 2001 году Nintendo купила Retro за 1 млн. долларов, а Миямото стал на постоянной основе присматривать за проектом. Проблем было море: сотрудник фирмы вспоминает, что Миямото мог долго кричать на разработчиков, после чего переводчик лаконично сообщал "он огорчён". В таких муках рождалась Metroid Prime - одна из лучших видеоигр 2002 года.